国語辞典の大辞林（第三版）によると、ソフトウェアとは、（１）コンピューターシステムに関係するプログラム（一部省略）、（２）映像・音楽・マルチメディアなどの作品、（３）特にハードウェアに対して，知識や思考による産物を集積したもの、と書いてありました。特許の世界で対象にするのは（１）（３）かなと思います。ただし、特許出願するのであれば、コンピュータプログラムのソースコード自体を出願するのではなく、これを上位概念化させた、対象のソフトウェアにおいてなされる論理の展開を明らかにした出願を行う必要があります。
特許出願を行うとき、ソフトウェアには大きく３種類のものがあると思います。１つ目は、物・装置を制御するためのソフトウェア（例：自動車エンジンの制御用ソフトウェア）であり、２つ目は、対象の技術的性質に基づく情報処理を行うソフトウェア（例：画像処理、音声処理用ソフトウェア）であり、３つ目は、これら以外のソフトウェア（単なる情報処理のみを行うソフトウェア）です。
上記の１番目と２番目のソフトウェアは、当然に、特許法の保護対象となりますので、まったく問題ありません。問題になるのは、３番目のソフトウェアであり、特許法の保護対象となるには、特殊な要件が求められます。それは「ソフトウェアによる情報処理が、ハードウェア資源を用いて具体的に実現されている」「ソフトウェアとハードウェア資源とが協働することによって、使用目的に応じた特有の情報処理装置又はその動作方法が構築されること」という要件です。
出願人の立場では、そもそも上記のような事実を知っている必要はないわけですが、代理人弁理士としては当然に知っておくべき事実ですので、依頼しようとする代理人が上記の事実を気にかけて対応しているのか否かを確かめてみる価値はあろうかと思います。
と言いますのも、特許出願すれば１年６月後に出願内容が公開されますので、他の代理人弁理士の出願書類が読める状態になるわけですが、出願前調査等で他人の出願書類を拝見すると、とても上記事実を気にしているとは思えないものが散見されるからです。有資格者である弁理士の中でも「餅は餅屋」の法則は当てはまると思いますので、ソフトウェアの特許出願はそれを専門とする弁理士に依頼するのが鉄板でしょう。これは、事務所の格とか弁理士の学歴とかには関係なく、出願書類を実際に書く弁理士の専門性によるところだと思います。
間接侵害を別にすれば、特許権侵害は原則、特許請求の範囲（権利範囲）に記載された要件すべてを事業として実施していなければ、成立するものではありません。こんなこと弁理士であれば、誰でも知っているはずです。
しかし、他の弁理士が書いた、審査を通過し特許登録となった案件の公報を読むと、権利範囲の中に「ユーザー端末の行う情報処理」が含まれていたり、用語の選択が間違っていると思われるものがあったりと、思わず笑ってしまう事例をチラホラ見かけます。もっとも、依頼者（特許権者）にとっては笑えない事態ではありますが…
上記のようなことに始まり、いろいろとソフトウェアの特許出願では気を付けるべき点が一般の特許に加えて多数存在します。
日用品など「物」を対象とする場合、発明者自身が特許出願書類を作成し、弁理士を代理人として付けずに本人出願している事例をよく見かけます。ただし、私は無料相談等の場で、「趣味で特許を取得するのであればそれでも良いかも知れないけれど、事業として特許を取得するのであれば代理人弁理士に依頼するべきだと思いますよ。あなた、このアイデアでいくら儲けるつもりですか？百万、２百万のビジネスであれば、本人出願もありですね。しかし、億円単位のビジネスを念頭に置いているのであれば、私でなくても良いので、弁理士に依頼した方が良いと思いますよ。」とアドバイスします。
かたや、ソフトウェアの特許出願ですが、上記したように、気を付けるべき点が「物」の特許に比べ、圧倒的に多いわけですから、しかも対象がソフトウェアであり事業として使用するのが前提でしょうから、本人出願は止めなさい、代理人弁理士、しかも、ソフトウェアを得意とする弁理士に依頼した方が良い、というアドバイスになります。
ところで私は、勤務弁理士時代から独立開業後の現在まで、種々のソフトウェアの特許出願を行ってきましたので、その一例をお示しします。勤務弁理士時代に担当したものはお示しできない決まりになっておりますので、独立後の出願案件を一例としてお示しします。当然ではありますが、公開前のものはお示しできませんので、ここに示すものはすべて出願公開公報か特許公報が出されたものです。つまり、ここにお示しするのは公開情報です。私のＨＰを見てくださった皆さんの参考にしていただければ幸甚です。
特開２０１６－１７０７１８号（プロジェクト診断装置）
特開２０１６－１４６０１６号（ＷＥＢページ提供システム等）
特開２０１６－０７１４５２号（不動産競売物件情報提供装置等）
特開２０１４－１２６９３７号（運用自動化システム等）
